Việc xác định các đội hạt giống để tiến hành bốc thăm chia bảng tại giải lần này dựa vào thành tích của các đội tại vòng loại và vòng chung kết Cúp bóng đá châu Á 2004. Việc Hàn Quốc bị loại ở vòng tứ kết và Ả Rập Saudi không vượt qua vòng đấu bảng tại giải lần trước, khiến tại giải lần này, họ bị xếp vào nhóm thứ hai. Đội tuyển Úc mới gia nhập AFC ngày mùng 1 tháng 1 năm 2006 nên chưa có thành tích gì ở giải nên bị xếp vào nhóm các đội yếu nhất.